La césarienne impacte la composition du microbiote intestinal du nourrisson

Le tube digestif du nourrisson est colonisé à la naissance, à partir du microbiote maternel et celui de son environnement.

Le nourrisson né par voie basse, abrite un microbiote intestinal d’origine maternelle avec des populations bactériennes issues du microbiote vaginal et fécal de sa mère. Une diversité bactérienne y est présente, avec une prédominance des Bifidobactéries et Bacteroides, marqueurs bactériens d’un microbiote intestinal sain1.

A l’inverse, le nourrisson né par césarienne, présente un retard d’implantation du microbiote intestinal, avec une diversité bactérienne réduite1. En effet, le microbiote intestinal de ces nourrissons abrite des populations bactériennes d’origine plus environnementale, avec des bactéries opportunistes pathogènes issues du milieu hospitalier, portant des gènes de résistance aux antibiotiques. Le nourrisson né par césarienne présente ainsi un microbiote intestinal déséquilibré, (appelé Dysbiose), qui peut être observé jusqu’aux 3 ans de l’enfant. La naissance par césarienne n’est pas sans conséquence, sur la fonctionnalité de cet organe. On observe en effet que ces nourrissons ont un risque augmenté d’infections, de maladies allergiques ou encore des maladies métaboliques.

Microbiote intestinal d’un bébé né par césarienne 

En conditions normales, le tube digestif de l’enfant est stérile in utero. Quelques études ont été menées pour savoir s’il existait un microbiote fœtal.  Après 6 ans de travaux de recherche sur le sujet, retour au dogme d’Henri Tissier. Le placenta n’abrite pas un microbiote spécifique et fonctionnel.

L’enfant né par césarienne est exposé aux microbiotes de sa mère. Dans le cas de la naissance par césarienne programmée, l’enfant sera exposé au microbiote cutané de sa mère (via le peau à peau). En effet, d’après l’étude de Dominguez-Bello, il est montré que les nourrissons nés par césarienne abritent des communautés bactériennes similaires à celle retrouvées à la surface de la peau maternelle2. Si cet enfant est allaité, il sera également exposé au microbiote du lait de sa mère.

Dans le cas de la naissance par césarienne en urgence, l’enfant est exposé aux microbiotes vaginal et fécal de sa mère, en plus du microbiote cutané. Sans oublier, que si la maman allaite son bébé, ce dernier sera exposé au microbiote de son lait.

Une diversité bactérienne réduite chez un bébé né par césarienne3

Le microbiote intestinal du nourrisson né par césarienne est différent de celui du nourrisson né par voie basse. Des études comparatives longitudinales entre ces 2 populations de nourrissons ont été réalisées. Ces dernières ont montré une réduction de la diversité bactérienne, un retard d’implantation des bactéries d’origine maternelle : Bifidobactéries et Bacteroides, des marqueurs d’un microbiote intestinal sain & une colonisation des bactéries pathogènes opportunistes associés à l’environnement hospitalier (gènes de résistance aux antibiotiques).

Ces différences de composition du microbiote intestinal ont été observées très précocement, et au cours du temps à 4 mois, 1 an, 2 ans et 3 ans. Elles s’expliquent par le fait que le nouveau-né n’est pas en contact avec le microbiote vaginal de sa mère, par l’utilisation d’antibiotiques (avant, pendant et après l’accouchement), de possibles infections nosocomiales ou encore la durée réduite de l’allaitement maternel.

Césarienne et risque infectieux au cours de l’enfance4,5

La naissance par césarienne augmente le risque de nombreuses pathologies, durant l’enfance et à plus long terme. Ainsi elle augmente le risque de maladies immunes et métaboliques telles qu’une augmentation du risque d’asthme, augmentation du risque d’obésité, de diabètes de type 1 et de maladies cœliaques. On peut également voir une augmentation du risque infectieux comme le montre l’analyse réalisée par Miller sur une cohorte de 7,1 millions de naissances dans 4 pays sur une période de 20 ans : 21% des nourrissons ont présenté au moins une infection nécessitant une hospitalisation, ce qui est 10% plus élevé d’infection chez l’enfant né par césarienne en comparaison de l’enfant né par voie basse.

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Sources et références scientifiques

1. Butel et al., The developing gut microbiota and its consequence for health. Journal of Dmultiple body habitats in newborn, PNAS | June 29, 2010 | vol. 107 | no. 26 | 11971–11975s.
3. Shao et al., Stunted microbiota and opportunistic pathogen colonization in caesarean-section birth. Nature, 574, pages 117–121 (2019).
4. Neu & Rushing . Clin Perinatol. 2011 June ; 38(2): 321–331.
5. Miller JE, Goldacre R, Moore HC, Zeltzer J, Knight M, Morris C, et al. Mode of birth and risk of infection-related hospitalisation in childhood: A population cohort study of 7.17 million births from 4 high-income countries. PLoS Med. 2020;17(11).